O jogador controla o time contendo Mario, Luigi e Paper Mario, onde suas ações são controladas pressionando A, B e Y respectivamente. Mario e Luigi usam suas ações padrões, enquanto o Paper Mario usa suas ações únicas como se transformar em uma broca, planar ou se multiplicar, de forma a ajudar os "bros." As batalhas incorporaram mecânicas com timing attacks ou habilidades especiais, mas traz o clássico Mario RPG.

O jogo também usa os Amiibos da Nintendo para desbloquear cartas de personagens. Veja um vídeo de 30 minutos abaixo. Paper Jam será lançado dia 22 de janeiro de 2016.